PD Dr. rer. medic. Martin Eisenacher, 12.5.1973

Institutszugehörigkeit:
Medizinische Bioinformatik am Medizinischen Proteom-Center (MPC)
Ruhr-Universität Bochum
Gebäude ProDi, Raum E2.269, Gesundheitscampus 4
D-44801 Bochum, Germany
Telefon: +49 / 234 / 32 - 18104
Email: martin.eisenacher@rub.de
Webpage: http://www.ruhr-uni-bochum.de/mpc/

WISSENSCHAFTLICHER WERDEGANG

Leiter des Forschungsbereichs “Medizinische Bioinformatik” am Medizinischen Proteom-Center, RUB
Personalverantwortung für PostDocs, Doktoranden, Master- / Bachelor-Studenten, technisches Personal


Konsortium-Sprecher und Projektleiter mehrerer laufender Drittmittelprojekte, gefördert von BMBF, Forschungsministerium NRW, Deutsche Gesetzliche Unfallversicherung (DGUV);
Konsortium-Sprecher des Service-Centers “Bioinformatik der Proteomik – BioInfra.Prot” im BMBF-geförderten “Deutschen Netzwerk für Bioinformatik-Infrastruktur – de.NBI”


Habilitation, Medizinische Fakultät, RUB
Kumulative Habilitationsschrift: „Standard-Datenformate, Algorithmen und Auswerte-Strategien für die Bioinformatik der Proteomik“
Habilitationskolloquium vor dem Fakultätsrat: „Big data – Chancen und Risiken für die personalisierte Medizin“


Projektleitung und Koordination mehrere abgeschlossener Drittmittelprojekte, gefördert von EU, BMBF, Forschungsministerium NRW, Deutsche Gesetzliche Unfallversicherung (DGUV), Cluster Industrielle Biotechnologie (CLIB), Medizinische Fakultät RUB (FoRUM)


Gruppenleiter der Arbeitsgruppe „Bioinformatik / Biostatistik” am Medizinischen Proteom-Center, RUB
Personalverantwortung für PostDocs, Doktoranden, Master- / Bachelor-Studenten, technisches Personal


PostDoc am Medizinischen Proteom-Center, Ruhr-Universität Bochum (RUB)


Promotionsstudium an der Medizinischen Fakultät, Westfälische Wilhelms-Universität Münster
Dissertation: „Intensitätsbasierte Qualitätskontrolle und Skalierung von Genexpressionsdaten“


Studium der Informatik, Universität Dortmund
Abschluss: Diplom in Informatik (mit Auszeichnung)


BERUFLICHE FUNKTIONEN – WISSENSCHAFTLICHE AKTIVITÄTEN

Mitglied der Ethikkommission der Medizinischen Fakultät der RUB


Dezentraler Koordinator für IT-Sicherheit und Datenschutz der Medizinischen Fakultät, RUB


Ausrichtung, Organisation und Dozent der de.NBI Summer School „ From Big Data to Big Insights - Computational Methods for the analysis and interpretation of mass-spectrometric high-throughput data”, Leibniz-Zentrum für Informatik, Castle Dagstuhl, Germany


Mitglied der IT.Services-Nutzervertretung für die Medizinische Fakultät, RUB


Gutachter für Konferenzen und Förderinstitutionen, z.B. DFG, German Conference for Bioinformatics (GCB), French Institute of Bioinformatics (IFB)


Editor der Proteomics Standards Initiative (PSI) der Human Proteome Organization (HUPO): Durchführung des Review-Prozesses (PSI document process) für vorgeschlagene Standardisierungsdokumente


Mitglied des Editorial Board der Fachzeitschrift BBA – Proteins and Proteomics


Gutachter für Fachzeitschriften, z.B. Bioinformatics, BMC Bioinformatics, Molecular and Cellular Proteomics, Proteomics, J Proteome Research, J Proteomics, BBA Proteins and Proteomics


MITGLIEDSCHAFTEN

DGPF (Deutsche Gesellschaft für Proteomforschung)
GI (Gesellschaft für Informatik)
Gemeinsame Fachgruppe “Bioinformatik” (FaBi, www.bioinformatik.de) mehrerer Fachgesellschaften
Research Department Protein (Ruhr-Universität Bochum)

WICHTIGE PUBLIKATIONEN

1. Turewicz M, Kohl M, Ahrens M, Mayer G, Uszkoreit J, Naboulsi W, Bracht T, Megger DA, Sitek B, Marcus K, Eisenacher M (2017) BioInfra.Prot: A comprehensive proteomics workflow including data standardization, protein inference, expression analysis and data publication. J Biotechnol. 2017 Nov 10;261:116-125 (IF 2.6)

2. Mayer G, Quast C, Felden J, Lange M, Prinz M, Pühler A, Lawerenz C, Scholz U, Glöckner FO, Müller W, Marcus K, Eisenacher M (2017) A generally applicable lightweight method for calculating a value structure for tools and services in bioinformatics infrastructure projects. Brief Bioinform 2017 Oct 30 (IF 2016: 5.1)

3. Güttsches AK, Brady S, Krause K, Maerkens A, Uszkoreit J, Eisenacher M, Schreiner A, Galozzi S, Mertens-Rill J, Tegenthoff M, Holton JL, Harms MB, Lloyd TE, Vorgerd M, Weihl CC, Marcus K, Kley RA (2017) Proteomics of rimmed vacuoles define new risk allele in inclusion body myositis. Ann Neurol 2017 Feb;81(2):227-239 (IF 9.9)

4. Turewicz M, Ahrens M, May C, Marcus K, Eisenacher M (2016) PAA: an R/bioconductor package for biomarker discovery with protein microarrays. Bioinformatics 2016 May 15;32(10):1577-9 (IF 7.3)

5. Uszkoreit J, Maerkens A, Perez-Riverol Y, Meyer HE, Marcus K, Stephan C, Kohlbacher O, Eisenacher M (2015) PIA: An Intuitive Protein Inference Engine with a Web-Based User Interface. J Proteome Res. 2015 Jul 2;14(7):2988-97 (IF 4.2)

6. Vizcaíno JA, Deutsch EW, Wang R, Csordas A, Reisinger F, Ríos D, Dianes JA, Sun Z, Farrah T, Bandeira N, Binz PA, Xenarios I, Eisenacher M, Mayer G, Gatto L, Campos A, Chalkley RJ, Kraus HJ, Albar JP, Martinez-Bartolomé S, Apweiler R, Omenn GS, Martens L, Jones AR, Hermjakob H (2014) ProteomeXchange provides globally coordinated proteomics data submission and dissemination. Nat Biotechnol 2014 Mar 10;32(3):223-6 (IF 41.5)

7. Kohl M, Megger DA, Trippler M, Meckel H, Ahrens M, Bracht T, Weber F, Hoffmann AC, Baba HA, Sitek B, Schlaak JF, Meyer HE, Stephan C, Eisenacher M (2014) A practical data processing workflow for multi-OMICS projects. Biochim Biophys Acta – Proteins and Proteomics 2014 Jan;1844(1 Pt A):52-62 (IF 2.7)

8. Mayer G, Montecchi-Palazzi L, Ovelleiro D, Jones AR, Binz PA, Deutsch EW, Chambers M, Kallhardt M, Levander F, Shofstahl J, Orchard S, Antonio Vizcaíno J, Hermjakob H, Stephan C, Meyer HE, Eisenacher M on behalf of the HUPO-PSI Group (2013) The HUPO proteomics standards initiative- mass spectrometry controlled vocabulary. Database (Oxford) – The Journal of Biological Databases and Curation 2013 Mar 12;2013(0):bat009 (IF 4.5)

9. Jones AR, Eisenacher M, Mayer G, Kohlbacher O, Siepen J, Hubbard S, Selley J, Searle B, Shofstahl J, Seymour S, Julian R, Binz PA, Deutsch EW, Hermjakob H, Reisinger F, Griss J, Vizcaino JA, Chambers M, Pizarro A, Creasy D (2012) The mzIdentML data standard for mass spectrometry-based proteomics results. Mol Cell Proteomics 2012 Jul;11(7):M111.014381 (IF 7.3)

10. Bell AW, Deutsch EW, Au CE, …, Eisenacher M, Marcus K, Langenfeld E, May C, …, Falkner JA, Martens L, Vizcaíno JA (2009) A HUPO test sample study reveals common problems in mass spectrometry-based proteomics. Nat Methods 2009 Jun;6(6):423-30 (IF 16.8)